大三巴牌坊的前身为圣保禄学院，作为本澳的地标，然而在大三巴牌坊地下埋藏的遗骨，引起不少游客的猜测。其实在天主教的传统里，教堂不但是聚集教徒们的神圣场所，也具有墓葬的功能。由于教堂被视为接近神的地方，因此教徒一般是环绕教堂安葬，但若果那人是神职人员或社会权贵，他的遗体或骨髑可获安葬在教堂里。

在1740年，耶稣会修士布里杜（Domingos de Brito）曾经製作天主之母教堂埋葬者的清单，而从1638年至1742年间教堂内共埋葬了152人。

在1835年，澳门市政机构曾经把教堂遗址开闢为公共墓地，一直使用至1852年。在1851年，总督基玛良士（Isidoro Francisco Guimarães）兴建圣味基坟场，也就是今天的旧西洋坟场。在新落成后，人们把大三巴牌坊背后的墓地迁往新坟场，但一些更古老的墓地并未发现，于是留在原地，直到1961年被挖掘出来为止。

位于大三巴牌坊背后东侧的墓穴（澳门记忆官网图片）